Após uma temporada anterior em que a permanência foi garantida com uma grande dose de sofrimento apenas na última jornada e tendo novamente um dos orçamentos mais baixos da competição tudo apontava para que o Leixões na edição 2008/2009 da Liga Sagres tivesse pela frente mais uma árdua batalha pela manutenção. Com Vítor Oliveira novamente no “leme” do Departamento de Futebol na função de Director Desportivo a prioridade passou pela contratação do treinador para a nova época. A escolha recaiu em José Mota, treinador do Paços de Ferreira na época anterior, que apresenta como imagem de marca a construção de equipas baratas - recorrendo sobretudo a jogadores de escalões secundários e a jogadores Brasileiros – que têm como ponto forte o colectivo e que se destacam pelo seu futebol atractivo.

Assegurado o “Timoneiro” para a nova época seguiu-se a definição do plantel que foi alvo de uma mini-revolução. Logo à partida ficou clara uma alteração na política de contratações: a aproximação entre as SADs de Leixões e do F.C. Porto – e que tanto foi criticado por parte da massa adepta Leixonense – foi resfriada tendo a “armada” Portista sido reduzida de 4 jogadores para apenas 1 (Diogo Valente). Com a política da SAD Matosinhense de rubricar contratos de apenas 1 ano de duração com os jogadores eram muitos os que estavam em final de contrato. Destes apenas alguns renovaram sendo de destacar as saídas de Nuno Amaro, Nuno Diogo e Pedro Cervantes. Outro ponto a realçar são as vendas de Filipe Oliveira ao S.C. Braga e principalmente de Jorge Gonçalves – que ainda actua nos dois primeiros jogos do campeonato – ao Racing de Santander da Iª Liga Espanhola. Estas vendas permitem encaixes financeiros aos Matosinhenses - algo que já não acontecia há muitos anos - e no caso de Jorge Gonçalves chega a ser histórico por ser a primeira transferência internacional do Leixões Sport Clube. Quanto a contratações um nome sobressai entre todos: Wesley – que em Portugal já tinha alinhado com sucesso no Penafiel e depois no Vitória de Guimarães – é a surpresa e é imediatamente apelidado de “Mágico Wesley”, cognome que o jogador viria a justificar plenamente em campo. Outras contratações interessantes são a cedência por empréstimo pelo Celta de Vigo do médio-defensivo internacional sub-20 Brasileiro Roberto Sousa, a contratação do veterano Zé Manuel e a já falada manutenção no plantel por empréstimo de Diogo Valente. A pré-temporada arranca e os resultados – ainda que não sejam muito importantes nessa fase – e algumas exibições deixam a desejar e começa a surgir alguma desconfiança da massa adepta Leixonense em relação ao plantel. José Mota parece também não estar satisfeito e já com a pré-época a decorrer chegam ao plantel Wesley, Laranjeiro, Roberto Sousa e Vasco Fernandes.

A época inicia-se com o primeiro jogo da fase de grupos da Carlsberg Cup com o Leixões a deslocarem-se a Braga. Os Matosinhenses são goleados por 4-0 e perdem Roberto que se lesiona no jogo e fica arredado da competição praticamente até ao final da época. Esta lesão e a transferência de Jorge Gonçalves para o Racing de Santander obrigam a uma alteração táctica no esquema montado por Mota: inicialmente a equipa foi pensada para jogar num 4x3x3 com dois extremos a servirem o ponta de lança Roberto, mas com a sua lesão e sem alternativas para aquela posição Mota altera o esquema e faz entrar de imediato o recém-chegado Wesley no 11 titular tornando-se peça fulcral na equipa; fazendo-o actuar como falso ponta de lança o Brasileiro numa 1ª fase de construcção de jogo recua até ao meio-campo para com a sua boa visão de jogo lançar os extremos nas alas para depois numa 2ª fase aparecer na àrea vindo de trás. Este esquema de jogo viria a revelar-se acertado ao ponto de Wesley ter rapidamente ascendido aos lugares cimeiros dos marcadores da Liga Sagres. Após uma derrota no jogo inaugural da Liga Sagres por 1-3 em casa com o Nacional os Leixonenses iniciam uma série de resultados – alguns deles inesperados para uma equipa que luta pela manutenção – que os levam a um inédito e por isso histórico 1º lugar. Face a este bom desempenho a equipa e alguns dos seus jogadores começam a ter uma visibilidade acima do que seria expectável no início da época, ficando na memória de todos o empate e sobretudo a exibição em casa contra o Benfica em que os Encarnados acabaram o jogo encostados à sua baliza. Mas o melhor ainda estaria para vir: no jogo seguinte – 6ª jornada – os Matosinhenses deslocam-se ao Dragão para defrontar o campeão F.C. Porto. Num jogo onde se esperaria que os Leixonenses tivessem um papel menor acabam por ser os protagonistas ao chegarem aos 29 minutos de jogo a vencer por 0-2 para delírio dos cerca de 2000 Leixonenses que lotaram o sector visitante do Dragão como poucas massas adeptas o fazem. O F.C. Porto reage e chega ao empate na 2ª parte, mas os Leixonenses conseguem o 2-3 final e assim alcançam a sua 1ª vitória em casa dos Portistas nos últimos 35 anos. Neste jogo um nome salta para a ribalta: Braga – que na época anterior jogava na IIª B no Leça – bisa no Dragão e passa a ser acompanhado com especial interesse.

Na 8ª jornada do campeonato mais uma prova de fogo dos comandados de José Mota com a deslocação a Alvalade e mais uma prova superada com distinção: vitória por 0-1 com golo de Roberto Sousa e uma das várias exibições fantásticas do guardião Beto. O Leixões continuava a surpreender o mundo futebolístico e começa a despertar o interesse da imprensa estrangeira. Os Leixonenses sofrem a 1ª derrota fora de portas da época em curso apenas na 11ª jornada em Guimarães, mas ainda assim deixa boa imagem pois foi a melhor equipa em campo. No fim de semana seguinte jogo grande a contar para os oitavos-de-final da Taça de Portugal com recepcão ao Benfica e com mais um resultado memorável. Com o marcador a não sofrer qualquer alteração até mesmo no prolongamento o jogo teve de ser decidido nas grandes penalidades: os Leixonenses convertem as 5 penalidades e Beto torna-se herói ao defender o remate de Reyes e assim permitir que o Leixões tenha vencido os 3 grandes na mesma época.

O percurso na Taça de Portugal termina nos quartos-de-final no Dragão ao ser derrotado por 1-0, um jogo que os Leixonenses encararam de peito aberto tendo jogado de igual para igual com o campeão nacional, proporcionando assim o que foi considerado pela crítica um excelente espectáculo de futebol.

Na sequência desta brilhante campanha Braga e Beto são distinguidos com o prémio de melhor jogador da Liga Sagres dos meses de Outubro e Novembro e conjuntamente com Wesley, Roberto Sousa, Bruno China e Vasco Fernandes são apontados como reforços já no mercado de Inverno de equipas de maior nomeada. De todas estas especulações apenas uma se concretiza, a transferência de Wesley – na altura o 3º melhor marcador da Liga Sagres - para os Romenos do F.C. Vaslui.

De volta ao campeonato os Leixonenses conseguem uma feliz e excelente vitória em Braga, mas já nessa altura o sentimento generalizado era de que o Leixões já não conseguia apresentar o mesmo futebol atractivo e perfumado com que surpreendeu o mundo futebolístico na 1ª volta. Vários factores contribuiram para que isso acontecesse: um maior estudo e consequentemente um maior conhecimento por parte das equipas adversárias da forma de actuar dos Leixonenses que assim deixaram de constituir surpresa e passaram a ser mais facilmente anuláveis; os constantes rumores sobre possíveis transferências dos principais jogadores para clubes de maior dimensão que não se vieram a concretizar e que prejudicou o rendimento desses mesmos jogadores – com a honrosa excepção de Beto – e gestão de entradas e saídas no mercado de Inverno, onde saíram vários jogadores do ataque tendo apenas entrado o ponta de lança Rodrigo - - emprestado pelo Nacional - e que se mostrou manifestamente insuficiente para as necessidades da equipa.

Após ainda conseguir assustar o Benfica na derrota por 2-1 num jogo intenso na Luz o Leixões soma algumas exibições e resultados menos interessantes sendo ultrapassado por Braga e Nacional e caindo assim para o 6º lugar, mas na 29ª jornada da Liga Sagres ao vencer em Setúbal alcança matematicamente a manutenção, afinal o grande objectivo com que partiu para a edição 2008/2009 da Liga Sagres. Na última jornada da Liga Sagres - perante uma boa moldura humana no Estádio do Mar que comparece em peso em sinal de reconhecimento da excelente época dos jogadores e equipa técnica - o Leixões vence o Marítimo por 1-0 e garante o 6º lugar do campeonato, a 2ª melhor classificação de sempre dos Leixonenses na 1ª Divisão.

Momento Chave: F.C. Porto 2 – 3 Leixões

Mais que o momento chave foi o momento mais alto – porque durante esta época muitos houve – da temporada Leixonense. A muito improvável vitória por 2-3 no reduto dos Portistas ocorreu 35 anos depois da última vez que tal tinha acontecido e permitiu que a época 2008/2009 entre para a história do Clube pelo facto de o Leixões pela 1ª vez ter sido líder isolado do principal campeonato Português.

Estrela: Beto

Perante campanha tão brilhante muitos jogadores se destacaram, tornando difícil a escolha de apenas um jogador. Se na 1ª metade da época provavelmente Wesley mereceria esta distinção, a sua saída e a continuidade de excelentes exibições do guarda-redes Beto fazem-no merecedor do estatuto de “estrela”. Adorado pela massa adepta Leixonense, foi decisivo em muitos jogos e a garantia de muitos pontos. O reconhecimento de tão boa época chegou com os rumores do interesse de vários clubes na sua contratação e principalmente com a sua chamada – ainda que considerada tardia pelos adeptos matosinhenses e não só – à Selecção Nacional A. A sua 1ª internacionalização A e a sua contratação pelo F.C. Porto fizeram-no saltar para a ribalta e será acompanhado com carinho pelos Leixonenses.

Revelação: Braga

Apesar de ter chegado a perder a titularidade na 2ª volta, a verdade é que este jogador formado no Salgueiros chegou ao “Mar” proveniente do vizinho Leça que disputava a IIªB e desde logo mostrou-se capaz de ser opção. Apontado na pré-temporada como possível jogador para ser cedido por empréstimo, não se atemorizou com o salto de duas divisões e não só ganhou lugar no 11 titular como foi figura de proa na vitória no Dragão ao apontar 2 dos 3 golos. Foi claramente dos jogadores que mais se ressentiram com os rumores de interesse de outros clubes no mercado de Inverno e na 2ª volta perdeu “gás”. Espera-se a confirmação do valor de Braga na próxima época, sobretudo com uma época mais regular.

Decepção: Chumbinho

Jogador formado nas escolas do São Paulo, Chumbinho foi contratado a custo 0 e as suas exibições nos jogos de pré-época desde logo entusiasmaram os Leixonenses que viram nele um craque com uma boa visão de jogo e capaz de causar desiquilíbrios no um para um devido à sua excelente técnica. Estas aptidões apenas puderam ser postas à prova em jogos a sério na reabertura do mercado em Janeiro e a enorme expectativa gerada acabou por ser defraudada. Foi aposta de Mota durante alguns jogos, mas contra já conscientes do valor da equipa Matosinhense e por isso mais fechadas Chumbinho revelou sempre dificuldades em ultrapassar esse obstáculo. Saiu pela porta pequena ao abandonar o Clube sem justificação, tendo defraudado como jogador mas principalmente como homem.